主办单位
四川省动物学会
四川大学生命科学学院四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室

主讲人
范振鑫 博士、副研究员
杜联明 博士
李午佼 博士
严超超 博士

讲师团队近年发表的主要高通量测序论文

  • Fan Z, Zhao G, Li P, Osada N, Xing J, Yi Y, Du L, Silva P, Wang H, Sakate R, Zhang X, Xu H, Yue B, Li J. 2014. Whole genome sequencing of Tibetan macaque (Macaca thibetana) provides new insight into the macaque evolutionary history. Molecular Biology and Evolution, 31(6), 1475-1489.
  • Zhang W*, Fan Z*, Han E, Hou R, Zhang L, Galaverni M, Huang J, Liu H, Silva P, Li P, Pollinger JP, Du L, Zhang X, Yue B, Wayne RK, Zhang Z. Hypoxia adaptations in the grey wolf (Canis lupus chanco) from Qinghai-Tibet Plateau. PLoS Genetics, 10(7): e1004466.
  • Freedman AH, Gronau I, Schweizer RM, Ortega-Del Vecchyo D, Han E, Silva PM, Galaverni M, Fan Z, Marx P, Lorente-Galdos B, Beale H, Ramirez O, Hormozdiari F, Alkan C, Vilà C, Squire K, Geffen E, Kusak J, Boyko AR, Parker HG, Lee C, Tadigotla V, Siepel A, Bustamante CD, Harkins TT, Nelson SF, Ostrander EA, Marques-Bonet T, Wayne RK, Novembre J.2014. Genome Sequencing Highlights the Dynamic Early History of Dogs. PLoS Genetics, 10(1): e1004016.
  • Du L, Li W, Fan Z, Shen F, Yang M, Wang Z, Jian Z, Hou R, Yue B, Zhang X. 2015. First insights into the giant panda (Ailuropoda melanoleuca) blood transcriptome: a resource for novel gene loci and immunogenetics. Molecular Ecology Resources, 15(4):1001-1013.
  • Koepfli KP, Pollinger J, Godinho R, Robinson J, Lea A, Hendricks S, Schweizer RM, Thalmann O, Silva P, Fan Z, … Wayne RK. The surprising evolutionary history of African and Eurasian golden jackals. Current Biology, in press.

1. 培训特色
小班教学, 保证效果。讲师拥有丰富的数据分析和软件研发经验。主持和参与的基于二代高通量测序研究论文发表到Molecular Biology and Evolution, PLoS Genetics, Current Biology等顶级期刊。
主题明确,针对性强,瞄准实战。理论与实践结合,针对专题内容,并配合已经发表的文章进行深入讲解。每个学员现场操作,提供服务器资源和真实数据。对高级班学员,可以根据学员已经有的数据和项目,提供个性化的培训方案。

2. 培训对象
希望从事和正在进行生物信息学研究的科研工作者。
分为基础班和高级班。基础班适合无生物信息学分析基础者;高级班针对有一定基础,但希望进行更专业的学习,接触最新理论和分析方法的科研工作者。高级班能自带数据,并提前预约商量个性化培训方案。

3. 培训地点
四川大学望江校区(四川成都一环路南一段24号四川大学)

4. 培训时间
基础班:一期:7月24日-7月26日;二期:8月8日-8月10日
高级班:7月24日至8月17日期间根据学员需要,随时开班

5. 收费标准
基础班:2000元/人
高级班:5000元/组,每组可包含一位PI和1名团队成员;超过人数收费为1500元/人
收费都含学费、资料费。培训期间餐饮住宿自理, 可协助安排。

6. 基础班课程设置

第一天09:00-09:30生物信息及发展现状简介
09:30-11:30Linux简介、基础操作、常用命令;二代测序数据格式介绍、原始数据处理、提取、质控等
13:30-15:00转录组研究介绍:研究进展、方案设计、发表文章解读等
15:00-17:00基因组研究介绍:研究进展、方案设计、发表文章解读等
第二天09:00-10:15有参考基因组的转录组基本分析:转录组拼接,计算表达量等
10:15-11:30无参考基因组的转录组基本分析:Mapping,转录组拼接,表达量计算,预测新的转录本等
13:30-15:00基因注释:GO功能和KEGG通路分析等;差异基因分析:识别差异基因,差异基因富集分析
15:00-17:00转录组数据上机实际演练、提问和自由讨论
第三天09:00-10:15Denovo拼接组装、基因注释
10:15-11:30基因组重测序上游数据处理流程:mapping,genotyping
13:30-15:00种群基因组分析方法:genome-wide tree, PCA, admixture, PSMC等常用和主流分析方法
15:00-17:00基因组数据上机演练、提问和自由讨论

7. 高级班课程设置
根据学员需要定制,可免费参加基础班课程。

8. 报名和付费方式
通过电话、电子邮件均可报名
现金、银行转账等均可
开户银行:中国工商银行四川分行营业部东大支行(工行成都东大支行营业室)
帐户名:四川省动物学会
帐号:4402 2980 0900 0012 596

9. 联系方式
联系人: 范振鑫
咨询电话:13666167984
电子邮件:zxfan@scu.edu.cn
报名截止:即日起至8月1日